Unité d'Epidémiologie Animale
Principaux projets
Participants : Karine Chalvet-Monfray
La particularité de ce modèle est de ne pas se limiter aux conditions climatiques, représentées très souvent par des valeurs moyennes. La séquence météorologique est prise en compte avec des valeurs biquotidiennes ; ceci permet de mieux appréhender l’effet météorologique. Le modèle actuel est un modèle déterministe simple mais non mécaniste, l’objectif étant d’évoluer vers un modèle de type mécaniste, plus proche de la réalité biologique décrivant une dynamique de population. Les résultats du modèle sont représentés par des cartes d’activité mises à jour de manière hebdomadaire et disponibles gratuitement sur internet pour les vétérinaires. Une meilleure connaissance des zones et des périodes à risque permet à la fois d’adapter les comportements pour diminuer les risques de contact et de mieux cibler les moyens de lutte. Participants : Jean-Baptiste Perrin, Christian Ducrot Principaux collaborateurs : ANSES, DGAL Les fluctuations hebdomadaires de la mortalité des bovins dans le département de la Meuse ont été modélisées en ajustant le modèle sur les données réelles de 2003 à 2006. Le modèle obtenu a permis d’estimer la mortalité attendue de 2007 à 2009 par semaine, catégorie d’âge et type de production. Le nombre de morts réellement observées au cours de cette période a été comparé avec les prédictions émises afin d’évaluer le nombre et la distribution des morts excédentaire Entre juillet 2007 et juin 2008, 21 017 morts de bovins ont été notifiées dans la Meuse tandis que 16 691 étaient attendues selon le modèle. Quarante trois pourcents des 4 326 morts excédentaires sont survenues chez des veaux de moins de 7 jours, mais des excès de mortalité ont été identifiés dans toutes les catégories d’âge. La distribution temporelle des morts excédentaires, décrites à l’échelle hebdomadaire, suggère que celles-ci étaient liées à l’épizootie de Fièvre catarrhale qui a sévi à cette période. De nombreuses données sur les populations animales sont quotidiennement produites et collectées à des fins administratives, économiques, zootechniques. Certaines de ces données sont des indicateurs directs ou indirects de l’état de santé des populations concernées, et pourraient de ce fait être exploitées à des fins de surveillance épidémiologique, notamment pour la détection précoce des anomalies.. Modélisation de la vitesse de propagation de la fièvre catarrhale lors de l'épidémie de 2007 et 2008 en France (depuis 2009) Participants : Christian Ducrot, Laurent Crespin Principaux collaborateurs : ANSES Lyon et Alfort, INRA Oniris UMR BIOEPAR, CIRAD Montpellier UMR CMAEE
La fièvre catarrhale ovine (FCO) est une maladie infectieuse vectorielle due au virus Bluetongue (BTV). Elle est transmise par un insecte piqueur du genre Culicoïdes et touche les ruminants domestiques et sauvages. Jusqu’en 2006 elle n’avait jamais été diagnostiquée en Europe Centrale. En août 2006, l’introduction du sérotype 8 du virus (BTV-8) en Europe Occidentale, dans la région de Maastricht, et son extension rapide aux Pays-Bas, en Allemagne et en Belgique a constitué une crise sanitaire majeure en santé animale. La France n’a pas été épargnée avec 30 foyers déclarés en 2006, un peu plus de 21 000 foyers en 2007 et près de 27 000 en 2008. L’infection s’est ainsi rapidement propagée à la quasi-totalité du pays. Le travail en cours, réalisé par un post-doc, vise à estimer la vitesse de progression du front du BTV-8 en France en 2007-2008, et mettre en évidence les facteurs spatiaux-temporels influençant la vitesse de progression de l’infection. Il est financé par le Ministère de l’agriculture, dans le cadre d’un programme de recherche coordonné par l’ANSES, et fait l’objet d’une collaboration avec le CIRAD sur la biologie des culicoïdes. . Mise au point d'un dispositif de détection des épidémies de gastro-entérites aigues d'origine hydrique à partir des données de l'Assurance Maladie Participants : Damien Mouly (InVS), Christian Ducrot, Myriam Charras-Garrido, David Abrial, Sylvain Coly (InVS), Anne Gallay (InVS), Pascal Beaudeau (InVS), Nicolas Vincent (InVS) Principaux collaborateurs : InVS, Agences régionales de santé  En France, le recensement des épidémies d’origine hydrique est loin d’être exhaustif. Entre 1997 et 2007, seules 10 épidémies d’origine hydrique ont été détectées, investiguées et rapportées. Depuis 2008, l’Assurance Maladie (AM) a développé une base de données nationale des consommateurs de soins et contenant les données de remboursement des médicaments prescrits. Les données proviennent du Système national d’information inter-régimes de l’Assurance Maladie (Sniir-AM) qui regroupe l’ensemble des évènements de santé concernés par un remboursement quel que soit le régime de l’AM (régime général, mutuelle sociales agricole, régime social des indépendants ainsi que les autres régimes spéciaux). Ces données permettent de compter le nombre de cas de gastro-entérites aigues médicalisées (GEAm) par jour et par commune pour les résidents français grâce à l’utilisation d’un algorithme. La qualité des données de la base de l’AM est jugée satisfaisante pour l’ensemble des variables d’intérêt à partir de 2009. La superposition géographique des cas de GEAm identifiés par les données de l’AM et du contour des unités de distribution d’eau permet d’envisager la mise en place d’un dispositif de détection rétrospective des épidémies d’infections liées à l’eau de distribution. . Modélisation mathématique de la propagation de l'unfluenza aviaire dans la filière des poulets de basse-cour en Thaïlande  Porteur du projet : Karine Chalvet-Monfray (INRA, VetAgroSup)Participants : Anuwat Wiratsudakul (INRA, VetAgroSup, DLD Thaïlande), Mathilde Paul (ENVT), Thanawat Tiensin (DLD Thaïlande) Objectif : Explorer les séquences des pratiques commerciales dans la filière des poulets de basse-cour sur la propagation spatio-temporel de la grippe aviaire. Pour cela, sont utilisés à la fois les réusltats d'enquêtes sur le terrain sur le comportement des acteurs de la filière et modèle spatio-temporel et stochastique. 
Rédaction :
C. Ducrot, K. Chalvet-Montfray, J., J.B. Perrin, D. Mouly
Date de création : 18 Février 2011 Mise à jour : 17 Mai 2013 |
Malgré les traitements, les animaux de compagnie restent régulièrement infestés par des tiques et des puces qui sont par ailleurs vecteurs d’agents pathogènes dont certains sont zoonotiques. Dans le milieu extérieur, ces populations sont soumises aux conditions climatiques, plus précisément à la séquence météorologique. L’objectif du modèle FleaTickRisk est d’estimer le niveau d’activité des tiques et des puces en fonction des conditions météorologiques afin d’établir des cartes de risque d’activité. Ces cartes offrent un outil au service des professionnels de la santé animale pour mieux lutter contre ces parasites et leurs éventuelles maladies associées.
La fièvre catarrhale ovine (FCO) est une maladie infectieuse vectorielle due au virus Bluetongue (BTV). Elle est transmise par un insecte piqueur du genre Culicoïdes et touche les ruminants domestiques et sauvages. Jusqu’en 2006 elle n’avait jamais été diagnostiquée en Europe Centrale. En août 2006, l’introduction du sérotype 8 du virus (BTV-8) en Europe Occidentale, dans la région de Maastricht, et son extension rapide aux Pays-Bas, en Allemagne et en Belgique a constitué une crise sanitaire majeure en santé animale. La France n’a pas été épargnée avec 30 foyers déclarés en 2006, un peu plus de 21 000 foyers en 2007 et près de 27 000 en 2008. L’infection s’est ainsi rapidement propagée à la quasi-totalité du pays. Le travail en cours, réalisé par un post-doc, vise à estimer la vitesse de progression du front du BTV-8 en France en 2007-