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• Eco-épidémiologie des maladies bactériennes transmises par les tiques dures Ixodes ricinus (depuis 2003) - stratégie d'échantillonnage des tiques à l'affût (depuis 2011)
Participants : Gwenaël Vourc’h, Patrick Gasqui, Séverine Bord, Nelly Dorr, Valérie Poux, David Abrial, Elise Vaumourin 
Les tiques Ixodes ricinus sont des tiques dures les plus communes en France. Leur développement comporte trois stades actifs (larves, nymphes et adultes) qui chacun se nourrit sur un hôte vertébré différent, à l’exception des adultes mâles. Ces tiques sont vectrices de plusieurs bactéries pathogènes notamment Borrelia burgdorferi sensu lato incluant les agents de la maladie de Lyme, Anaplasma phagocytophilum agent de l’anaplasmose granulocytaire humaine et animale, des Babesia agents de la piroplasmose et des Rickettsia du groupe boutonneux. Nos travaux actuels portent sur cinq volets principaux : 1) Approche bayésienne hiérarchique pour estimer des abondances et un taux d'échantillonnage à partir de prélèvements successifs : application à l'estimation d'abondance des nymphes Ixodes ricinus, 2) OSCAR : Outil de Simulation Cartographique à l'échelle du paysage Agricole du Risque acarologique, 3) PATHO-ID : Rodent and tick pathobiome, 4) EDENext : Biology and control of vector-borne infections in Europe, 5) Génomique des populations de Borrelia burgdorferi sensu lato, 6) Etude des interactions entre agents pathogènes transmis par les tiques chez leurs hôtes naturels, 7) Identification du vecteur de l'Anaplasmose granulocytique équine en Camargue et 8) Etude du rôle du tamia de Sibérie (Tamias sibiricus) sur le risque de maladie de Lyme en forêt périurbaine. Nous décrivons ici nos travaux sur le premier volet, les autres sont décrits dans les parties suivantes.
- Approche bayésienne hiérarchique pour estimer des abondances et un taux d'échantillonnage à partir de prélèvements successifs : application à l'estimation d'abondance des nymphes Ixodes ricinus.
Participants : Séverine Bord, Gwenaël Vourc'h, Patrick Gasqui
Principaux collaborateurs : Pierre Druilhet, Laboratoire de Mathématiques UMR 6620 UBP-CNRS
L’évaluation du risque de transmission d’agents pathogènes par les tiques dans un milieu naturel nécessite 1) une évaluation précise et non biaisée ou peu biaisée de l’abondance de tiques en quête d’hôtes dans le milieu naturel, 2) une détection «efficace» des agents pathogènes et 3) une identification des hôtes sur lesquels les tiques se gorgent et des hôtes réservoirs. A chacune de ces 3 étapes, les méthodes de recueil de l’information sont imparfaites, i.e. influencées par des facteurs connus ou non. Cette imperfection crée de la variabilité et l’incertitude autour de l’information recueillie. En effet, la méthode d’échantillonnage des tiques en quête d’hôtes (méthode du drapeau) classiquement utilisée est connue pour son manque d’efficacité dans certaines conditions (Milne 1943, Gray 1985, Schulze 1997) ; pour autant, celle-ci n’est jamais étudiée ni prise en compte dans les modèles d’abondance des tiques.
L’objectif de nos travaux est de modéliser des données de prélèvements successifs (removal sampling) par des approches bayésiennes hiérarchiques pour estimer 1) le taux d’échantillonnage de la méthode du drapeau et 2) l’abondance des tiques.
- OSCAR : Outil de Simulation Cartographique à l'échelle du paysage Agricole du Risque acarologique.
Projet : ANR 2012-2015
Porteur du projet : Olivier Plantard (INRA, UMR BioEpar, Nantes)
Participants : Gwenaël Vourc'h, Xavier Bailly, David Abrial, Isabelle Lebert, Sébastien Masseglia, Nelly Dorr, Anne-Sophie Martel.
Objectif : Explorer les conséquences des changements de paysage sur le risque acarologique (la densité de tiques infectées) en utilisant un outil de simulation basé sur un modèle spatiallement explicite de la dynamique des populations de tiques.
- PATHO_ID : Rodent and tick pathobiome.
Projet : INRA 2012-2014 du métaprogramme. Méta-Omiques des Ecosystèmes Microbiens.
Porteur du projet : M. Vayssier-Taussat (USC Bartonelles et Tiques, INRA) et JL. Cosson (CBGP, INRA)
Participants : Gwenaël Vourc'h, Elsa Jourdain, Xavier Bailly, Laurent Crespin, Isabelle Lebert, Patrick Gasqui, Séverine Bord, Jocelyn De Goër, Nelly Dorr, Sébastien Masseglia
L'Ojectif : décrire le pathobiome (ie les pathogènes et leur environnement microbien) des tiques et des rongeurs.
Financeur : FP7, Collaborative project (large-scale integrating project)
Porteur : R. Lancelot (CIRAD)
Participants : Gwenaël Vourc'h, Patrick Gasqui, Séverine Bord, Sébastien Masseglia, Valérie Poux, Elise Vaumourin
- Génomique des populations de Borrelia burgdorferi sensu lato (depuis 2009)
Participants : Xavier Bailly, David Abrial, Jocelyn de Goer, Nelly Dorr, Patrick Gasqui, Myriam Charras-Garrido, Gwenaël Vourc'h, Maude Pithon
Principaux collaborateurs : Centre National de Référence des Borrelia - Institut Pasteur Paris
Financement : Recherches financées avec le soutien de l'INRA, la région Auvergne et l'Union Européenne : Fonds Européen de Développement Régional
Les espèces bactériennes du complexe Borrelia burgdorferi sensu-lato (s.l.) sont transmises par des tiques à différents hôtes vertébrés. Chaque espèce du complexe se caractérise par sa capacité à infecter un spectre d'hôtes particulier. Ainsi, seules certaines des espèces de Borrelia burgdorferi s.l. sont pathogènes pour l'homme et causent la maladie de Lyme. Nous étudions les processus épidémiologiques et évolutifs expliquant la spécialisation de souches de Borrelia burgdorferi s.l. sur des hôtes différents et l'émergence de groupes génétiques décrits comme des espèces distinctes. Dans ce cadre, nous avons séquencé partiellement le génome de souches de Borrelia burgdorferi s.l. qui appartiennent à différentes espèces de ce complexe. Afin d'utiliser ces données, nous développons un système d'information et d'analyse dédié.
- Etude des interactions entre agents pathogènes transmis par les tiques chez leurs hôtes naturels (depuis 2011)
Participants : Gwenaël Vourc’h, Patrick Gasqui, Muriel Vayssier-Taussat, Elise Vaumourin
Principaux collaborateurs : UMR BIPAR/USC INRA « Bartonelles et tiques » de Maisons-Alfort
Les agents pathogènes infectant simultanément les mêmes individus peuvent interagir directement en utilisant les mêmes sites cibles chez l’hôte ou indirectement via la réponse immunitaire de l’hôte. Ces interactions peuvent avoir des effets très importants, en favorisant, par exemple l’apparition de nouvelles infections. Du fait de leur présence simultanée dans les tiques, les agents pathogènes qu'elles transmettent peuvent en théorie être transmis en même temps et donc coinfecter le même animal. Parmi ces agents pathogènes, un très grand nombre ont pour réservoirs les rongeurs et peuvent être transmis de manière accidentelle à l'homme qui développe des maladies.
L’objectif de nos travaux est d’identifier et de caractériser les interactions éventuelles entre les principaux agents pathogènes transmis par les tiques (Borrelia burgdorferi sensu lato, Anaplasma phagocytophilum, Babesia sp, Rickettsia sp et Bartonella sp) dans des populations réservoirs de rongeurs. Ces travaux vont nous permettre de mieux comprendre les patrons observés d’infection dans les populations et ainsi mieux comprendre les risques associés aux coninfections.
- Identification du vecteur de l'Anaplasmose granulocytique équine en Camargue (depuis 2008)
Participants : Agnès Leblond, Gwenaël Vourc’h, Amélie Chastagner
Principaux collaborateurs : Laboratoire de Microbiologie de l’Ecole Vétérinaire de Maisons-Alfort (ENVA), Laboratoire Vétérinaire Départemental Frank Duncombe de Caen 
Parmi les maladies vectorielles, les maladies transmises par les tiques telles que la maladie de Lyme ou l’Anaplasmose granulocytique sont considérées comme des maladies émergentes posant un problème de santé publique majeur en France. En Camargue, les babésioses (Babesia caballi et Theileria equi) sont hyperendémiques et ont des conséquences économiques importantes pour les élevages équins de la région qui ne peuvent plus exporter leurs produits. De plus, les vétérinaires ont noté depuis plusieurs années une élévation de l’incidence des fièvres résistantes à l’administration d’Imidocarb chez les chevaux (traitement classique des babésioses équines). Cette constatation pose la question de l’émergence possible en Camargue de l’Anaplasmose granulocytique à Anaplasma phagocytophilum.
Le cycle épidémiologique connu d’A. phagocytophilum chez l’homme et le cheval met en jeu une tique vectrice du genre Ixodes, Ixodes ricinus en France. Une première enquête sérologique effectuée en 2002 en Camargue a montré la présence de A. phagocytophilum chez le cheval avec une prévalence de 5 % (intervalle de confiance à 95 % : 3,4-6,5). Par ailleurs, la littérature indique que la tique suspectée comme étant le vecteur principal de l’Anaplasmose granulocytique équine en Europe, I. ricinus, serait peu abondante, voire même absente du pourtour méditerranéen. La densité des populations de tiques, en relation avec les zones et les biotopes fréquentés par les chevaux, reste à étudier.
Notre objectif est donc de préciser la présence à A. phagocytophilum chez le cheval en Camargue et de rechercher quelles espèces de tiques sont vectrices de l’infection dans cette région.
• Etude du rôle du tamia de Sibérie (Tamias sibiricus) sur le risque de maladie de Lyme en forêt périurbaine (depuis 2005)
Participants : Gwenaël Vourc’h, Patrick Gasqui, Sébastien Masséglia, Nelly Dorr, Valérie Poux, Séverine Bord
Principaux collaborateurs : Muséum National d’Histoire Naturelle, Centre National de Référence des Borrelia - Institut Pasteur Paris
Originaire d’Asie, le tamia de Sibérie (ou écureuil de Corée, Tamias sibiricus) est vendu dans l’animalerie depuis les années 1960. Depuis les années 1970 plusieurs individus ont été relâchés, notamment dans les forêts périurbaines autour de Paris où ils ont formés des populations viables. Nos premières études sur le tamia ont montré qu’il est beaucoup infecté par B. burgdorferi sl (l’agent de la maladie de Lyme) et beaucoup plus infesté par les tiques I. ricinus que les deux espèces de rongeurs autochtones qui sont des réservoirs connus de la maladie (le mulot sylvestre Apodemus sylvaticus et le campagnol roussâtre Myodes [Clethrionomys] glareolus). Nous nous attachons à présent à caractériser le rôle de cette espèce introduite dans la circulation de B. burgdorferi sl et à évaluer si sa présence augmente le risque de maladie pour l’homme.
. Le système Nephropathie épidémique/hantavirus puumala/campagnol roussâtre, un modèle de zoonoses (depuis 2010)
Participants : Frank Sauvage (LBBE, UCB), Laurent Crespin (INRA, UR 346)
Principaux collaborateurs : Noël Tordo (CNR des Fièvre Hémorragiques Virales, Philippe Marianneau (CNR FHV)
Les zoonoses forment un groupe de maladies particulièrement importantes à étudier à deux titres. D’abord, 73% des maladies émergentes chez l’homme sont à l’origine des zoonoses et ce pourcenage est en augmentation. Ensuite, et bien qu’il soit généralement fortement sous-évalué, l’impact des zoonoses est important, que ce soit en termes de santé humaine et/ou de coûts économiques.
Dans l’objectif de renforcer ses liens avec le groupe du Professeur D. Pontier du Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive (LBBE, Université Claude Bernard à Lyon), notre unité participe, depuis cette année, à l’étude du système néphropathie épidémique/hantavirus puumala/campagnol roussâtre comme modèle de zoonose. Ceci afin de mieux comprendre le rôle de différents facteurs (comportementaux, écologiques, climatiques ou autres) agissant dans les populations réservoirs et conduisant au déclenchement des épidémies humaines. Ces connaissance devraient permettre de mieux prévenir les occurrences des épidémies humaines de néphropathie épidémique mais aussi, à plus long terme, être applicables à d’autres zoonoses impliquant des petits mammifères dont le fonctionnement est plus difficile à étudier sur le terrain. Par exemple le hantavirus ‘Sin Nombre’ sur le continent américain qui cause un syndrome pulmonaire avec des taux de mortalités élevés, jusqu’à 40%. Il nécessite donc des précautions supplémentaires pour la manipulation des rongeurs qui rendent le travail de terrain beaucoup plus compliqué.
Notre stratégie d'étude s’appuie, d’une part, sur le suivi à long terme de populations de campagnols en zones endémique ou non du hantavirus Puumala et, d’autre part, sur l’analyse statistique de divers types de données (démographiques, génétiques, sérologiques) récoltées dans les populations in natura.
. Eco-épidémiologie de la fièvre Q due à Coxiella burnetii dans les élevages de petits ruminants (depuis 2010)
Participants : Elsa Jourdain, Xavier Bailly, Sébastien Masséglia, Anne-Sophie Martel, Patrick Gasqui, Laurent Crespin, Gwenaël Vourc’h, Christian Ducrot
Principaux collaborateurs : ANSES Sophia-Antipolis (LNR Fièvre Q), ANSES Maisons-Alfort (Unité Zoonoses Bactériennes), INRA BioEpAR, Institut de l’Elevage
La fièvre Q est une zoonose due à une bactérie intracellulaire (Coxiella burnetii). Chez l’Homme, la maladie passe souvent inaperçue mais elle peut également provoquer des troubles graves, en particulier pour les populations à risque (femmes enceintes, immunodéprimés, personnes souffrant de troubles cardiaques ou vasculaires). La bactérie est essentiellement transmise à l’homme par inhalation de poussières ou aérosols contaminés. Même si d’autres espèces de mammifères et des oiseaux peuvent être infectés, les ruminants domestiques sont considérés comme le principal réservoir de cette maladie. En élevage, la fièvre Q pose des problèmes d’avortements et de troubles de la fertilité et, pendant la période des mises-bas, la bactérie peut être excrétée massivement par les femelles infectées. L’objectif général de notre travail est de comprendre les modalités de circulation de la bactérie dans les élevages de petits ruminants et leur environnement. Une étude pilote est en cours de réalisation dans un élevage ovin ayant récemment subi des avortements associés à la fièvre Q.
